分居三年离婚是否要申请要根据离婚方式而定。如果双方是协议离婚，不需要申请，双方共同到民政部门办理离婚登记即可。如果是诉讼离婚，需要请求离婚的一方向法院提起离婚诉讼，由法院根据情况进行判决。法律规定双方因感情不和分居满两年的，经调解无效后，应当准予离婚。如果经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

起诉离婚要双方去吗

离婚时原则上双方当事人都要到场，但特殊情况下，可以有一方不到场。根据相关法律规定，离婚的途径有两种：协议离婚和起诉离婚。其中协议离婚适用于夫妻双方均自愿离婚的情况，协议离婚必须办理离婚登记，而离婚登记需要双方均到场办理。但在起诉离婚中，法院可以做缺席判决。根据民事诉讼法的规定，如果被告是因为下落不明，无法通知到而不出庭的，法院可以依法做缺席判决。另外，如果对方明知道要开庭，仍然无正当理由拒绝出庭的，法院也可以做缺席判决。不过，离婚案件涉及人身关系，原则是当事人双方必须出庭。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条【诉讼离婚】夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。