公司可以代扣员工工资的情形：

（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

法律依据：

《工资支付暂行规定》第十五条

用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。公司扣员工工资的处理方法：可以与用人单位进行协商，对扣工资的部分进行了解，在根据签订的劳动合同决定是否属于克扣工资的情形；也可以向企业的调解委员会申请调解。法律依据:《中华人民共和国劳动合同法》第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。《工资支付暂行规定》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

日常生活中我们会面临很多法律问题，所以应该了解一些法律方面的知识，以免在遇到法律问题时无法维护自己的合法权益。相信上面文章的内容已经对公司在什么情况下可以扣员工工资的问题作出了解答，如果您还有其他相关疑问的话，可以查看本站的其他普法内容，或者也可以咨询律师为您解答。