区别如下：

1.性质不同。竞业禁止义务是一种约定义务，竞业禁止义务来源于劳动者和用人单位在劳动合同中的约定。保密义务则是一种法定义务。

2.限制的行为不同。

3.生效条件不同。竞业禁止协议是以用人单位向劳动者支付经济补偿金为生效条件。保密协议的生效并不以用人单位向劳动者支付经济补偿金为前提条件，保密协议一般自双方意思表示达成一致，双方签字或盖章即生效。

一、竞业限制补偿金应如何发放

按照《劳动合同法》第二十三条的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。

对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付的规定，经济补偿应在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。

《劳动合同法》实施前的做法，通常是在签订竞业限制条款的同时开始发放，即：作为协议生效的一个基本条件，企业必须对员工的竞业禁止行为做出经济补偿，竞业禁止协议中必须同时写明补偿金的数额和发放办法，否则就是无效协议。

二、保密协议应包括哪些内容

保密协议一般包括保密内容、责任主体、保密期限、保密义务及违约责任等条款。保密协议可以分为单方保密协议和双方保密协议。单方保密协议是指一方对另一方单方面负有保密义务的协议。

1、明确保密信息范围

用人单位在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来，最好通过列举的方式列明所有需要保密内容，否则很容易因约定不明引发诉讼纠纷。不同的企业和同一企业的不同时期，保密范围、内容也有所变化，用人单位应及时修改保密协议内容。

2、明确保密主体

商业秘密的保密主体一般仅限于涉密岗位的劳动者，对于保密岗位和技术岗位，要求其不得披露、赠与、转让、销毁或者协助第三人侵犯公司的商业秘密。除上述涉密岗位以外，不必然承担保密义务的劳动者在工作中有意或无意获悉公司秘密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任。此外，那些掌握了商业秘密的劳动者家属、朋友，对保守商业秘密也应该负有同等义务。

3、约定保密期限

保密协议中应明确约定保密期限，虽然法律规定劳动者保守秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间，以免引起不必要的纠纷。

4、明确双方的权利、义务

在保密协议中应明确约定如何使用商业秘密、涉及商业秘密的职务成果的归属、涉密文件的保存与销毁方式等内容，有特殊条款的还应以列举方式进行约定。

此外，根据《劳动合同法》的规定，保密协议中不得直接设定违约金，若约定违约金存在被认定为无效的风险。但这并不意味着保密协议中不可约定违约责任，保密协议中可约定违反保密义务的赔偿内容以及计算赔偿数额的方式。

5、约定竞业限制条款

虽然竞业限制条款可约可不约，但不可否认竞业限制条款是商业秘密有力的保护伞。需要注意的是，必须明确约定竞业限制的期限和义务、经济补偿标准、经济补偿的支付时间以及条款解除的条件，否则稍有不慎，企业就有可能陷入支付高额经济补偿金的危险。