单位在工作期间出庭作证时能否扣除工资不能。用人单位应当按照劳动合同规定的标准向劳动者支付全部劳动报酬，不包括企业除劳动合同规定的标准以外支付的其他报酬。《劳动法》第五十一条规定：“法定节假日期间，婚丧假和依法参加社会活动，用人单位应当依法支付工资，“也就是说，劳动者依法参加社会活动，是履行国家和社会义务的行为，应当视为参加正常劳动，而他们的工资也不应由单位扣除，根据《民事诉讼法》第七十条的规定，“凡是知道案件情况的单位和个人，都有出庭作证的义务。有关单位负责人应当支持证人作证。”可见，依法出庭作证是公民的义务，也是公民参与社会活动的重要组成部分

原劳动部《工资支付暂行规定》第十条规定：“劳动者在法定工作时间内依法参加社会活动期间，用人单位应当按照提供正常劳动的方式支付工资。社会活动包括：依法行使选举权、被选举权；当选代表出席乡（镇）政府、政党、工会、共青团、妇联等组织的会议；担任人民法院证人；参加《工会法》规定的非专职工会基层委员会成员的生产、工作时间的劳动模范和先进工作者会议；依法进行的其他社会活动。”劳动者依照法院通知出庭作证，属于依法参加社会活动。这种活动对国家和社会都是有益的。用人单位应当给予支持，并按照正常生产劳动支付工资。因此，用人单位在出庭作证期间扣发劳动者工资是违法的