为紧跟经济发展的速度，现在许多公司安排员工加班已经是常事。不过，公司安排加班后，要按规定补偿员工加班损失，并且一般是调休或支付加班费。而有些员工加班后，想要自主选择调休或主张加班费，那么得看加班后的补偿规定。

首先，公司安排加班时，按规定要与员工协商，如果双方对加班调休与加班费协商一致，那么员工加班后即可以自主选择加班补偿。

因为约定劳动合同时，按照双方意思自治原则，所以只要双方对约定达成一致，那么便可以按该约定进行。

其次，双方协商不一致的，原则上，在休息日安排加班的，可以优先安排员工休，如果实在不能安排调休，就要支付加班费。

因此，一般情况下，未能协商给予员工自主权的，就要按照这个方法选择调休还是支付加班费。

最后，公司安排员工加班后，又不肯按规定进行调休或支付加班费的，必要时可以按照以下步骤申请劳动仲裁：

1、先要准备好如下材料：

（1）劳动争议申诉书一式三份；

（2）到工商局查询公司的工商登记资料一份；

（3）本人的身份证复印件一份；

（4）复印证据资料一式三份，如劳动合同或协议、工资单、工牌、上班打卡记录、同事的证人证言等。

2、向有管辖权的劳动仲裁委员会申请仲裁，一般都是向所在区、县的劳动仲裁委员会申请仲裁。

另外，员工加班后一般是根据公司的安排确定调休还是支付加班费，如果未按规定进行加班补偿的，就要根据以上规定申请劳动仲裁，或是劳动仲裁处理不下的，还可以接着去法院起诉。