以下情形，用人单位从员工的工资中进行扣发是合法的：

1、代缴的个人所得税；

2、代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

3、协助执行法院判决、裁定，及其它生效的法律文书；

4、抵扣用人单位的损失。

一、员工损坏公司设备如何处罚

员工损坏公司设备有以下处罚：

1、如果是自然损坏是属于自然磨损，员工是不需要赔偿单位，如果是员工故意损坏，员工需要赔偿单位损失；

2、赔偿方式可以由员工和单位协商进行。也可以在员工工资中按照比例抵扣；

3、因劳动者造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。

若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

二、当月离职扣除上月工资合法吗

当月离职扣除上月工资不合法，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。除以下情形用人单位可以代扣劳动者工资外，用人单位不得克扣劳动者工资：用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；用人单位代扣代缴的个人所得税；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；其他。

三、员工给公司造成损失要怎么赔偿

员工给公司造成损失，可以按照以下标准进行赔偿：

1、如果是因员工本人的原因造成的，经济损失的赔偿可以从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%；

2、如果扣除后的剩余工资部分低于当地的月最低工资标准的，则按最低工资标准赔偿。

单位可以代扣工资的情形具体如下：

1、用人单位可以代扣代缴的个人所得税；

2、用人单位可以代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

3、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

4、法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。