非法解除劳动合同举证责任由用人单位承担，劳动者对双方存在劳动关系和劳动关系解除的事实负举证责任，而对于解除合同的理由则由用人单位负举证责任。

一、自离有工资吗？

自离有工资，自离用人单位应当结清工资，但劳动者应当赔偿损失。自离，自动离职，即不告而别，属于违法解除合同，按照《劳动合同法》第九十条规定，对用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。用人单位要求劳动者赔偿损失的，应当承担举证责任。劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。

二、用人单位的举证责任怎么规定的

劳动争议中，用人单位对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，由用人单位承担举证责任。

因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。

三、事实劳动关系应当怎样确认

用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在事实劳动关系时可提供下列凭证：

(1)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录；

(2)用人单位向劳动者发放的工作证、服务证等能够证明身份的证件；

(3)劳动者填写的用人单位招工招聘登记表、报名表等招用记录；

(4)考勤记录；

(5)其他劳动者的证言等。

其中，(1)、(3)、(4)项的有关凭证由用人单位负举证责任。