公司扣工资的处理是劳动者可以与用人单位协商解决，如果无法协商的情况下，可以到当地的劳动监察大队进行投诉，如果还未解决，是可以申请劳动仲裁，公司拒绝赔付的情况下，可以提交相关材料到法院起诉。

一、公司扣工资怎么处理呢

公司扣工资的处理如下：

1.与公司协商。公司扣工资的，应当说明扣工资的理由，甚至所依据的相关规章制度，且相关规章制度是已经过事前公开公示，否则，公司属于无正当理由克扣工资，属于无理的违法行为，职工可以要求公司全额支付工资及相应利息损失。

2.如协商不成的，可以到当地的劳动监察大队投诉，要求协助处理解决。

3.如仍未解决的，可以至当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁处理解决。

4.如劳动仲裁生效后，公司拒绝执行并拒付的，可以申请法院强制执行。

二、公司扣工资申请仲裁时效为多久

公司扣工资申请仲裁时效为一年。但是，在有些情况下，一年的时效期间还不能保护劳动者的合法权益。如在有的行业，尤其是建筑业，拖欠工资问题比较突出，工人的劳动报酬很多到年底才结算;还有些劳动者为了维持劳动关系，在劳动关系存续期间对用人一单位拖欠劳动报酬的行为不敢主张权利。如果都适用一年的仲裁期间，不利于保护他们的合法权益。因此劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制。

三、公司扣工资不可以超过多少

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但公司扣工资不能超过员工月工资的百分之二十。如果扣除工资后，剩余的工资低于所在地的最低工资标准，则按最低工资标准支付工资。

《劳动部关于印发的通知》第十六条

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。