国税函[2009]3号文件第一条规定，《企业所得税法实施条例》第三十四条所称的“合理工资、薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资、薪金制度规定实际发放给员工的工资、薪金。税务机关在对工资、薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：

(一)企业制订了较为规范的员工工资、薪金制度;

(二)企业所制订的工资、薪金制度符合行业及地区水平;

(三)企业在一定时期所发放的工资、薪金是相对固定的，工资、薪金的调整是有序进行的;

(四)企业对实际发放的工资、薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。

(五)有关工资、薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。

从上述规定可以看出，对工资、薪金合理性的判断，主要包括两个方面：一是员工实际提供了服务;二是报酬总额在数量上是合理的。实际操作中主要考虑雇员的职责、过去的报酬情况，以及雇员的业务量和复杂程度等相关因素，同时要考虑当地同行业职工平均工资水平。

为此，企业应当建立健全内部工资、薪金管理规范，明确内部工资发放标准和发放程序。每次工资调整都要有案可查、有章可循，尤其要注意对每一笔工资、薪金支出是否及时、足额扣缴了个人所得税。