一、劳动合同所在地与用人单位所在地不一致如何发工资

《劳动合同法实施条例》第十四条：劳动合同履行地与用人单位注册地不一致的，有关劳动者的最低工资标准、劳动保护、劳动条件、职业危害防护和本地区上年度职工月平均工资标准等事项，按照劳动合同履行地的有关规定执行;用人单位注册地的有关标准高于劳动合同履行地的有关标准，且用人单位与劳动者约定按照用人单位注册地的有关规定执行的，从其约定。

二、具体做法：

先申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的才可以向法院依法起诉。劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖

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(1)劳动合同履行地与用人单位注册地不一致的，有关劳动者的最低工资标准、劳动保护、劳动条件、职业危害防护和本地区上年度职工月平均工资标准等事项，按照劳动合同履行地的有关规定执行。

(2)用人单位与劳动者约定按照用人单位注册地的有关规定执行的，前提必须是用人单位注册地的有关标准高于劳动合同履行地的有关标准。

也就是说，按照劳动合同履行地的各项标准执行劳动者的相关待遇是法定的，即使劳动合同履行地的部分或者全部标准低于用人单位注册地的相关标准。如果想适用用人单位注册地的有关规定，必须同时符合两个条件：一是双方有约定;二是用人单位注册地的有关标准高于劳动合同履行地的有关标准。

一般情况下，在用人单位与劳动者之间签订劳动合同时，应当就劳动地点和用人单位所在地进行明确，并进一步规定工资规定是按照哪个地方的标准来核发，后期如果出现此类问题，应当与用人单位协商沟通决定，如果协商不成功，可以通过向司法机关诉讼来解决工资标准的问题。