工厂自离有工资。因为有相关的法律规定，劳动者为用人单位付出劳动后，就相应地有获得劳动报酬的权利。这是赋予劳动者的基本权利之一。即使是自动离职，但毕竟是为公司工作过，同样需支付工资，如果用人单位因为员工自动离职不给工资，是违法行为。

公司可因自动离职作适度的工资扣减，但这必须建立在合乎程序的规章制度度之下，比如规章制度经民主程序讨论经大部分职工认可，进行公示，员工入职有进行培训并签名确认，或者劳动合同中有约定。否则公司就不能随便扣减员工工资，因为公司没有行政处罚权。而至于扣减工资，一般不能超过百分之二十，或扣减后所剩工资不得低于最低工资标准。

工厂自离会记入档案吗

劳动者要离职但是公司不同意，劳动者决定要自离，是不会记入档案的，劳动者辞职，用人单位不批准的，劳动者可以通过快递的形式给用人单位邮寄一份辞职书，保留好快递详情单以及复印一份辞职书，辞职到期以后，要求用人单位支付其工资以及为其办理离职手续。

《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。