工伤认定劳动关系争议会影响工伤认定，劳动者与用人单位之间具有劳动关系是认定工伤的前提，工伤认定中如果双方存在劳动关系争议的话，是会对工伤认定产生影响的。如果劳动者并非基于劳动关系而从事劳动，其在劳动中受到伤害则无法适用法律规定进行索赔。

申请工伤认定对单位的影响

如果确认工伤后，部分医药费就有工伤保险付了。但是一旦定级，企业要承担不少的费用。

一旦定级后，如果该员工辞职，则单位要承担相应的伤残补助金和就业补助金，具体标准查看工伤条例。这两部分的费用是比较高的。

申请工伤认定，对企业来说利在于能减轻企业的负担，一切医疗费用和待遇均由社保部门解决。如果连续不断地出现认定工伤，只能说明企业在管理上特别是在安全生产管理上，存在着严重的问题和漏洞，它严重影响着企业的声誉。

《工伤保险条例》第十七条职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。