不能办理确权登记的房屋有：

一、乱占耕地建房；

2、违反生态保护红线控制要求建房；

三、城镇居民非法购买宅基地；

4、小产权房，通常意义上的小产权房是指农村集体土地建设、未缴纳土地出让金等费用。产权证不是国家房管部门颁发的，而是乡镇政府或村委会颁发的，也叫乡镇产权房。

农村房屋确权登记是什么意思

房屋确权是保障房屋所有人依法对自己的房屋享有占有、使用、收益、和处分的权利，它是唯一完全的物权。同时，也是房地产权属登记、权属变更、转让、评估、抵押、中介服务等的产权、产籍的管理的法定依据。办理各种房屋权属登记，承办初审、复审、审批职责的区房管局、市房产交易所、市房屋产权登记中心，应在5个工作日内完成所承担的办理事项，符合规定条件的，转送复审、审批单位，填制权属证书，不符合规定条件的予以退回。退件时，要向当事人讲明退件原因及补正的方法和要求。

《土地管理法》第三十七条，非农业建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地；可以利用劣地的，不得占用好地。

禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼。