一、寻租问题

与招标拍卖出让方式相比，协议出让方式的成本较低，但是由于其运作过程脱离了市场，实际上只有少数开发商能够有机会与出让方进行协商，而且，这种协商通常是在“暗箱”条件下进行的。很多不具有相关信息的开发商被排斥在竞争之外。竞争性和公开性的缺乏会造成土地出让价格低于土地的市场价格，这两种价格的差额就形成了经济学上所谓的“租”。从追求自身利益最大化的开发商来看，在获得土地使用权所支付的行政价格之外再支付一笔小于这个租金的价格来获取超额利润是十分划算的。而在某些掌握土地出让权的官员看来，奉公守法所得到的利益与从开发商那里拿到的额外的租金相比是微不足道的。努力维护土地使用权出让价格，保护国家利益反倒成了非常不明智的举动。相反，努力压低价格以争取更多的租金对他们来讲具有相当大的激励。巨大的经济利益使贪官和开发商相互勾结，瓜分国有土地收益。

从城市土地出让市场的情况来看，寻租行为主要有三种方式：(1)地方政府的寻租，地方政府追求地方经济利益，当国家和地方利益发生冲突，必然会竭力维护地方的利益，如土地出让金是各级政府的重要财源，一方面地方政府将过多的公共设施成本摊人地价；另一方面又为照顾地方企业，吸引外资大搞优惠批租土地，致使国家财富大量流失，地方政府可以利用土地出让金的实际支配权与国家寻租。(2)政府各部门间的寻租活动，土地的批租使土地资源形成了潜在巨大的收益，因此越权批地、多头批地，随意变革土地用途性质的现象屡禁不止，并且形式和手段也日益多样化。(3)开发公司和政府的寻租，由于巨大的利益和缺乏有效的约束机制，权钱交易屡屡发生。某些政府官员在出让土地时，凭借自己的权力以损失国家利益为代价牟取高额回报。而开发公司通过行贿，也可以以低价获得“关系地”和“人情地”，等等。

寻租给社会带来的损失是显而易见的。首先，寻租是一种非生产性的活动，会造成社会福利损失。超额利润吸引着大量的开发商进入市场，开发商之间会产生竞争。由于最终的获胜者只有一家，大量的社会财富在竞争中作为开发商的“公关”费用被官员消费掉了，产生了巨大的资源浪费。其次，寻租现象的蔓延扰乱了正常的市场秩序。通过正常渠道参与土地使用权竞争的开发商在寻租的过程中面临非常严酷的选择：要么同流合污，要么被挤出市场。市场秩序的扰乱给我国土地使用权出让制度带来了重大的冲击。再其次，寻租现象扭曲了资源配置。官员为了获得租金，争先恐后地将土地出让。这将严重危害我国的农业生产和粮食安全。低廉的土地行政价格使价格杠杆在土地出让过程中失效，使得资源配置扭曲，脱离了社会的合意水平，造成福利损失。最后，从政治角度上看，寻租现象损害了土地出让的法律基础，降低了群众对政府的信任程度，损害了国家、人民的经济利益，不利于社会的可持续健康发展。

二、土地收益流失

除了寻租现象造成的国家利益受损外，各地方政府为吸引投资，竞相压价，廉价出让土地使用权，也造成了国家土地收益大幅减少。在2001年底召开的中国地价高级论坛上，全国人大环境资源委员会委员王*进称：“有专家估计，每年国有土地资产流失约100亿元。我认为这个数字是非常保守的，粗算一下，流失的数字应该是几百亿元至几千亿元。”。