综合工时制休息日加班费的计算是按照被批准的周期乘以工资进行。

企业因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需要安排职工连续作业，无法实行标准工时制度，采用以周、月、年等为周期计算工作时间的工时制度。综合计算工时制必须经过批准，未经审批，企业无权自行决定实行综合计算工时制。

由于综合计算工时制以被批准的计算周期(周、月、季、年)来计算工作时间，所以其工作时间不受标准工时制最高额的限制。譬如被批准的计算周期是季度，则在一个季度中，总工作时间为20.83天×3月×8小时=499.9小时，而没有每天8小时和每周40小时的限制。但在一个计算周期内，如果工作超过499.9小时的部分，则应计算加班费。

一、不定时工时制员工要加班吗？

与综合计算工时制一样，不定时工时制也属于非标准工作时间制，而且也需要审批，企业不能自行决定实行。

不同于综合计算工时制的是，不定时工时制是因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，劳动者工作时间不能受固定时数限制的工时制度。一般适用于：一是企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工；二是企业中的长途运输人员、出租汽车司机和铁路、港口、仓库的部分装卸人员以及因工作性质特殊，需机动作业的职工；三是其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制职工。

就法律后果而言，不定时工时制除法定节假日延长工时外，不受加班加点的限制。但综合计算工时制仍受这方面限制，只是在计算周期上减少限制。因此，就不定时工时制来说，加班只有一种情形，即在法定节假日工作，此时应支付300%的工资，而在其它时间，用人单位只要确保员工身体健康和休息休假权利，均不算加班，也无需支付加班工资。