如果员工因重大事故给公司造成损失，能否从其工资中全额扣除？

根据《工资支付暂行规定》第16条规定：

劳动者因自身原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以：，根据国家有关规定和与法律法规不冲突的劳动合同，合同中的协议和企业内部规章制度要求劳动者赔偿经济损失。补偿损失可从工人自己的工资中扣除，但每月扣除额不得超过工人当月工资的20%。扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

注：

1.公司可以扣除款项的前提是公司能够证明员工的行为造成了公司的损失，并能为损失计算和经济损失金额提供依据。如果无法提供证据，即使存在客观损失，也不能从雇员的工资中扣除

2.雇主可以从其工资中扣除补偿金，但应提前书面告知扣除原因和金额；未经书面通知不得扣减