商品房面积相差部分的款项，通常会在购房者选择继续履行合同或是要求退还房屋之时一并予以退还。

根据现行法律法规，此种情况下的实际支付金额通常不超过房价总额的3％。如果超过了这一上限，则购房者有权选择解除合同，此时卖方需将已经收取的购房款以及相应产生的利息归还给买方；若在这种情况下，购房者仍然愿意继续履行合同，那么其需要按照面积误差的比例以及双方事先约定的价格来确定是否由自己进行补充支付、卖方独自承担、卖方进行返还或者双方共同分担。

《商品房销售管理办法》第二十条按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：（一）面积误差比绝对值在3％以内的，据实结算房价款；（二）面积误差比绝对值超出3％时，买受人有权退房。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3％以内部分的房价款由买受人补足；超出3％部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3％以内部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3％部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。