员工举报公司违法行为是合法的。根据我国劳动法的有关规定，用人单位成立后，应当依法经营生产，依法履行劳动权利义务关系，不得违法经营，也不得随意侵犯劳动者合法权益；

如用人单位存在不法行为，劳动者可向相关机构举报投诉，或向媒体公布，劳动者向媒体曝光用人单位有违法行为；

需承担举证责任，如经劳动者曝光的违法行为被查证属实的，则劳动监察部门对用人单位的具体违法情形应处以相应的处罚。

员工举报公司应该怎么处理

员工举报公司的，接受举报的部门应当及时进行调查，如果用人单位确实存在违法违规行为的，应当责令其进行改正、给劳动者造成损失的应当赔偿损失等并将调查和处理结果反馈给举报员工。如果查证不属实，也应当将调查结果反馈给举报员工并说明原因。

《劳动法》第八十九条，用人单位制定的劳动规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门给予警告，责令改正；对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。