不算，赔偿金是按照基本工资算的，不扣除保险的。

一、工资是否能在汇算清缴中一次性扣除

工资能在汇算清缴中一次性扣除。工资薪金包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。汇算清缴是指所得税和某些其他实行预缴税款办法的税种，在年度终了后的税款汇总结算清缴工作。

二、赔偿二倍的工资是指基本工资吗

赔偿二倍工资不是指基本工资。按照劳动者前十二个月所得工资取平均数计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入计算，不是基本工资。《劳动合同法》所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

三、工资多少扣个人所得税

基本工资超过3500元，要交个人所得税;应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数，扣除标准3500元/月(2011年9月1日起正式执行)(工资、薪金所得适用)应纳税所得额=扣除三险一金后月收入-扣除标准。