对于拖欠农民工工资的案件，一般是由人力资源社会保障行政部门进行查处，负责保障农民工工资支付工作的组织协调、监督调查等工作。

《保障农民工工资支付条例》

第七条

人力资源社会保障行政部门负责保障农民工工资支付工作的组织协调、管理指导和农民工工资支付情况的监督检查，查处有关拖欠农民工工资案件。

住房城乡建设、交通运输、水利等相关行业工程建设主管部门按照职责履行行业监管责任，督办因违法发包、转包、违法分包、挂靠、拖欠工程款等导致的拖欠农民工工资案件。

发展改革等部门按照职责负责政府投资项目的审批管理，依法审查政府投资项目的资金来源和筹措方式，按规定及时安排政府投资，加强社会信用体系建设，组织对拖欠农民工工资失信联合惩戒对象依法依规予以限制和惩戒。

财政部门负责政府投资资金的预算管理，根据经批准的预算按规定及时足额拨付政府投资资金。

公安机关负责及时受理、侦办涉嫌拒不支付劳动报酬刑事案件，依法处置因农民工工资拖欠引发的社会治安案件。

司法行政、自然资源、人民银行、审计、国有资产管理、税务、市场监管、金融监管等部门，按照职责做好与保障农民工工资支付相关的工作。

一、拖欠工资申请劳动仲裁需要哪些证据

1、工资支付凭证或记录(工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录；

2、用人单位想劳动者发放的工作证等能够证明身份的证件；

3、劳动者填写的用人单位招工招聘登记表、报名表等记录；

4、考勤记录；

5、其他劳动者的证言等。

其中，1、3、4项的有关凭证由用人单位负举证责任，劳动者在平时要注意保存好自己的工作证、考勤卡、工资条等材料。

而信息不完整、有瑕疵的工资条无法作为讨薪的证据。可以提供劳动合同、考勤记录、证人证言等与工资条相互佐证，形成完整的证据链，对讨薪会更有利。