公司私自扣员工工资的，可以通过以下方式解决：

1、可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解，调解成功的，用人单位应当按照调解协议的内容向劳动者支付克扣的工资；

2、可以去劳动仲裁委员会申请仲裁，由仲裁庭根据审理结果作出裁决，双方当事人都认可裁决的，用人单位应当按照裁决书的内容支付克扣的工资，对裁决结果不服的，可以去人民法院提起民事诉讼，人民法院依法审理后，会根据审理情况作出判决，让用人单位向劳动者支付克扣的劳动报酬；

3、可以去劳动行政部门进行投诉，查证属实后，劳动行政部门会责令用人单位尽快向劳动者给付克扣的工资，逾期未支付的，会责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

法律依据：《中华人民共和国劳动法》第七十九条

劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

第九十一条

用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：

（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；

（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；

（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；

（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。

公司私自扣员工工资合法吗

单位不能随意克扣员工工资。但根据法律规定或劳动合同约定，可以代扣或扣除工资的，是合法的。

1、有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

2、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，从劳动者本人的工资中扣除。