一、二者的适用对象不同

对于劳动合同，其适用对象主要体现在《劳动合同法》第2条中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织(以下称用人单位)与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者，适用本法。国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。

对于聘用合同，其适用对象主要是事业单位聘用合同制是指事业单位与受聘人员依据国家有关法律、法规、规章和政策，在平等自愿、协商一致的基础上，通过签订聘用合同，确定聘用关系，明确双方权利和义务的人事管理制度。

二、二者的用工招聘方式不同

劳动合同的签订没有严格的程序性要求。根据《劳动合同法》第7条用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。第8条用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况；用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。

而聘用合同关系的建立，有着严格的招聘程序要求。事业单位要结合本单位的任务，按照科学合理、精简效能的原则设置岗位，并依据国家有关规定和单位的实际情况确定岗位工资待遇。机构编制部门核定人员编制的事业单位设置岗位、聘用人员，不得突破核定的编制数额。

三、按合同期限特点分类不尽相同

根据《劳动合同法》第十二条劳动合同分为固定期限劳动合同、和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。

聘用合同分为短期、中长期和以完成一定工作为期限的合同。对流动性强、技术含量低的岗位一般签订3年以下的短期合同；岗位或者职业需要、期限相对较长的合同为中长期合同；以完成一定工作为期限的合同，根据工作任务确定合同期限。合同期限最长不得超过应聘人员达到国家规定的退休年龄的年限。