针对土地出让纠纷主要在于土地出让金的纠纷。土地出让金的计算：土地出让金可分为地面价与楼面价两种计算方法。地面价为每平方米土地的单价，投资者往往以楼面价来计算投资效益。具体计算过程有以下规定：首先，土地出让金有实际成交价的，并且不低于所在级别基准地价平均标准的按成交价不低于40％的标准计算出让金，若成交价低于基准地价平均标准的，则依照全部地价40％计算。其次，发生转让的划拨土地使用权补办出让时，按基准地价平均标准的40％计算。再次，土地使用权受让人有异议的，由受让人委托有资质的土地估价机构进行评估，按评估价的40％计算土地出让金。最后，划拨土地使用权成本价格占土地价格的最高比例不得高于60％，在以划拨土地使用权价格计算出让金时，必须将成本价格换算成市场土地价格，再按不低于40％的标准计算土地出让金。

政府可以补偿企业土地出让金吗

可以。

企业取得政府返还土地出让金的六种形式

第一、政府主导拆迁，土地出让金返还用于建设购买安置回迁房。

第二、政府主导拆迁，土地出让金返还用于拆迁（代理拆迁、拆迁补偿）。

第三、政府主导拆迁，土地出让金返还用于开发项目相关的基础设施建设。

第四、土地出让金返还用于建设公共配套设施（学校、医院、幼儿园、体育场馆）。

第五、政府将土地出让金返还给其它关联企业或个人。

第六、政府主导拆迁，土地出让金返还未约定任何事项，只是奖励或补助。

《土地出让金管理办法》

根据《国务院关于将部分土地出让金用于农业土地开发有关问题的通知》（国发［2004］8号）的规定，从2004年1月1日起，将部分土地出让金用于农业土地开发。为加强对各地用于农业土地开发的土地出让金收入管理情况的检查、监督和考核工作，确保国务院关于将部分土地出让金用于支持农业土地开发的重大决策落到实处，现将《用于农业土地开发的土地出让金收入管理办法》印发你们。请结合本地区的实际情况，抓紧组织研究落实。执行中有何问题，请及时向财政部、国土资源部报告。

《中华人民共和国土地管理法》第四条国家实行土地用途管制制度。国家编制土地利用总体规划，规定土地用途，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护。前款所称农用地是指直接用于农业生产的土地，包括耕地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面等；建设用地是指建造建筑物、构筑物的土地，包括城乡住宅和公共设施用地、工矿用地、交通水利设施用地、旅游用地、军事设施用地等；未利用地是指农用地和建设用地以外的土地。使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。