农民工工资打卡在两处以上取得工资收入的，合计超过3500元的；除工资收入外，还有其他应当缴纳个人所得税收入来源的要交税。公司发放工资时，发现金还是直接打卡只是工资发放方式上的区别，不影响个人所得税的计算。即如果工资数额达到缴纳条件，公司应当依法予以扣缴。工资收入不超过3500元的，不用交纳个人所得税。

一、5000元交多少个人所得税

工资５０００不需要交纳个人所得税。２０１９年１月１日个税改革后，个人需要缴纳个人所得税也发生了变化，起征点从３５００元提高到５０００元，还可以享受专项附加扣除以及社保扣除，工资超过５０００元才需要扣税，个人所得税率最低为３％，最高为４５％。１、工资范围在５０００元以下的，不需要交纳个人所得税。２、工资范围在５００１元－８０００元的，缴纳个人所得税税率为３％。工资范围在８００１元－１７０００元的，缴纳个人所得税税率为１０％。工资范围在１７００１元－３００００元的，缴纳个人所得税税率为２０％。工资范围在３０００１元－４００００的，缴纳个人所得税税率为２５％。工资范围在４０００１元－６００００元的，缴纳个人所得税税率为３０％。工资范围在６０００１元－８５０００元的，缴纳个人所得税税率为３５％。工资超过８５０００元，没有上限，缴纳个人所得税税率为４５％。

二、年终奖的免税政策都是哪些？

年终奖的免税政策是和个人所得税的免税方式是一样的。个人所得税计算方式：1、发放年终奖的当月工资高于3500元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数。2、当月工资低于3500元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(3500-月工资))*税率-速算扣除数。