根据《劳动争议调解仲裁法》第2条规定，因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议属于劳动争议，应执行仲裁前置程序。用人单位与劳动者因离职竞业限制义务的履行发生争议，如用人单位要求劳动者承担违反竞业限制义务的违约金或劳动者要求用人单位支付竞业限制补偿金，此属于典型的劳动争议，应先向劳动仲裁机构申请仲裁。

若用人单位以劳动者违反竞业限制义务的同时侵犯公司商业秘密，给企业造成重大损失为由提起诉讼，则此时竞业限制条款可以作为一个独立的商业秘密保护措施而存在，而不仅限于理解为劳动合同的组成部分。双方争议属于一般的商业秘密侵权纠纷，其不受劳动仲裁前置程序的限制，用人单位可以独立进行民事起诉。因此，对劳动者违反竞业限制义务同时侵犯商业秘密的，用人单位有裁讼上的选择权，既可以申请仲裁，也可以直接诉讼。

一、竞业限制补偿金的法律规定

1、竞业限制协议生效前或者履行期间，用人单位放弃对劳动者竞业限制的要求，应当提前一个月通知劳动者。

2、竞业限制协议对经济补偿金的标准、支付形式等未作约定的，劳动者可以要求用人单位支付经济补偿金。双方当事人由此发生争议的，可按劳动争议处理程序解决。用人单位要求劳动者继续履行竞业限制协议的，应当按劳动争议处理机构确认的标准及双方约定的竞业限制期限一次性支付经济补偿金，劳动者应当继续履行竞业限制义务；用人单位放弃对剩余期限竞业限制要求的，应当按劳动争议处理机构确认的标准支付已经履行部分的经济补偿金。

3、用人单位与负有保守用人单位商业秘密义务的劳动者在竞业限制协议中对经济补偿金的标准、支付形式有约定的，从其约定。因用人单位原因不按协议约定支付经济补偿金，经劳动者要求仍不支付的，劳动者可以解除竞业限制协议。