行政诉讼中，法院可以从规范性文件的制定机关是否超越权限或者违反法定程序、作出行政行为所依据的条款以及相关条款等方面，来认定规范性文件的合法性。如果不具有超越制定机关的法定职权等情形的，则规范性文件合法。

行政合同的合法性案件可以适用行政诉讼吗

行政合同案件可以适用行政诉讼。认为行政机关侵犯其经营自主权或者农村土地承包经营权、农村土地经营权的；认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的等，可以适用行政诉讼。

《最高人民法院关于适用中华人民共和国行政诉讼法的解释》第一百四十八条

人民法院对规范性文件进行一并审查时，可以从规范性文件制定机关是否超越权限或者违反法定程序、作出行政行为所依据的条款以及相关条款等方面进行。

有下列情形之一的，属于行政诉讼法第六十四条规定的“规范性文件不合法”：

（一）超越制定机关的法定职权或者超越法律、法规、规章的授权范围的；

（二）与法律、法规、规章等上位法的规定相抵触的；

（三）没有法律、法规、规章依据，违法增加公民、法人和其他组织义务或者减损公民、法人和其他组织合法权益的；

（四）未履行法定批准程序、公开发布程序，严重违反制定程序的；

（五）其他违反法律、法规以及规章规定的情形。