(一)合同本身的法律性质不同

聘任合同调整的是政府对公共组织及其工作人员的人事管理行为和工作人员行为规范，属于公法调整范畴。而劳动合同规范的是企业与劳动者之间的劳动关系，属于私法调整范畴。

(二)合同主体的权利义务关系不同

企业的劳动合同是纯粹的民事合同，合同中所规定的权利与义务对当事人来讲基本上是平等的。民事合同强调契约的自由性、合意性，一般不会发生不确定的权利或义务关系，即使发生，双方均可自由协调解决，解除合同。

事业单位及其工作人员要履行一定的公益责任或义务，因此，聘任合同在实际履行中权利与义务常常发生不对等。国家有权要求事业单位工作人员必须履行一定的公益性责任和义务，而且，这种国家要求具有强制性，如果事业单位工作人员无正当理由拒不履行，将会受到惩戒处置。此外，事业单位工作人员所从事的岗位工作，其性质本身也是属于社会公益性质的。一般来讲，企业职工是不承担公益责任的。

(三)争议处理时审查的内容有所不同

由于聘任合同所具有的不同于劳动合同的特殊法律意义，在涉及人事争议时，对事业单位当事人权利与义务的审查，不仅要以合同规定为依据，在某些情况下，还要对其“特别权利关系”进行审查，而企业的劳动者对此点审查是可以免除的。

(四)合同中用人单位的主体权利不同

企业在与劳动者签订劳动合同时具有较为完整的主体权利。而事业单位在与个人签订合同时表面上看，具有完整的主体权利，但实际上这种权利是不完整的，主要表现在用人的许多环节上，事业单位的主体权利要受到政府的许多控制。如招聘是在政府编制确定的基础上发生的，办理进人手续要受到政府规定的程序控制，否则便不能发生正式的人事法律关系;事业单位在确定工作人员的薪酬上，权利也是不完整的，要受到来自政府的财政控制。因此，事业单位用人的主体权利要受到政府的一定限制。