根据《反倾销条例》的规定，我国负责反倾销事务的机关主要有：对外贸易经济合作部、国家经济贸易委员会、海关总署、国务院关税税则委员会。在涉及农产品的反倾销案件中，农业部也是负责反倾销事务的机关之一。

(一)对外贸易经济合作部

根据《反倾销条例》的相关规定：外经贸部的主要职责为：

1、受理反倾销调查申请并对申请是否由国内产业或者代表国内产业提出、申请书内容及所附具的证据等进行审查，经商国家经贸委后，决定立案调查或者不立案调查;

2、负责倾销及倾销幅度的调查和确定;根据调查结果就倾销作出初裁决定和终裁决定;

3、对采取要求提供现金保证金、保函或者其他形式的担保的临时反倾销措施作出决定;提出征收临时反倾销税和最终反倾销税的建议。

外经贸部进出口公平贸易局是外经贸部具体负责反倾销调查的部门，该局设有专门的处室处理反倾销申诉事宜。

(二)国家经贸委

国家经贸委的主要职责为：

1、国家经贸委负责与外经贸部共同决定是否对反倾销申请立案调查;

2、负责产业损害及损害程度的调查和确定，在涉及农产品的反倾销国内产业损害调查时，由国家经贸委会同农业部进行。根据调查结果，就损害及损害程度作出初裁决定和终裁决定。

国家经济贸易委员会设立了产业损害调查局，该局设有专门的处室处理反倾销申诉事宜。具体案件的处理，由产业损害调查小组负责，最后的裁定有产业损害调查委员会作出，以国家经济贸易委员会的名义发布。

(三)海关总署

海关总署是我国反倾销措施的具体执行机关。负责执行临时反倾销措施和征收反倾销税以及退税等事宜。

(四)国务院关税税则委员会

税则委员会根据外经贸部的建议作出征收临时反倾销税和最终反倾销税以及追溯征税、退税、保留、修改或者取消反倾销税等与“税”有关的决定。