扣工资违法行为如下：

（1）上班迟到，法律上允许企业针对一些员工的迟到行为扣除部分考勤工资，但是如果达到了超出日薪的罚款额度则肯定是不合法的；

（2）产检，怀孕的女职工在工作期间进行产检，检查期间的工资要照常发放，不能按照病假、事假或者旷工折算。如果还有企业因为员工产检而进行罚款，则属于明确的违法行为；

（3）辞职，有些公司为了保证员工的留存率，会拖欠员工工资，这种行为当属违法。

公司克扣工资应该怎么办

1、协商解决，劳动者与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商，这不是必经程序，双方可以协商，也可以不协商，完全出于自愿；

2、申请调解，当事人就已经发生的劳动纠纷向劳动纠纷调解委员会申请调解的程序；

3、调解程序也由当事人自愿选择，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样可以向仲裁机构申请仲裁；

4、仲裁处理，当事人将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理的程序，如果想提起诉讼打劳动官司，必须经过仲裁程序，不能直接向人民法院起诉；

5、诉讼解决。

超时扣工资违法行为有哪些？

单位扣工资的违法行为：请假扣3倍工资违法；女职工怀孕、生育、哺乳扣工资违法；用人单位为捐赠强扣工资违法；员工辞职，单位扣工资违法；其他。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得以实物及有价证券替代货币支付。

《中华人民共和国劳动合同法》第三十一条【加班】用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。

《中华人民共和国劳动合同法》第三十条【劳动报酬】用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。