被隔离期间不能算旷工，用人单位不得以此为由解除劳动合同。在此期间，劳动合同到期的，分别顺延至职工医疗期期满、医学观察期期满、隔离期期满或者政府采取的紧急措施结束。同时，用人单位应当支付职工在此期间的工作报酬。

员工旷工期间社保自付吗

不是自付。员工处于旷工状态，由于员工与公司之间的劳动合同并没有解除，所以公司确实是要承担员工的社保缴费，而社保缴费中有一部分是员工本身自己需要承担的，那么如果说员工旷工时间比较长，员工承担的社保缴费部分就不能从自己工资当中扣除，只能先行由工作单位来进行垫付。之后从其下月工资中统一扣除。

《关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》第一条对新型冠状病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接触者在其隔离治疗期间或医学观察期间以及因政府实施隔离措施或采取其他紧急措施导致不能提供正常劳动的企业职工，企业应当支付职工在此期间的工作报酬，并不得依据劳动合同法第四十条、四十一条与职工解除劳动合同。在此期间，劳动合同到期的，分别顺延至职工医疗期期满、医学观察期期满、隔离期期满或者政府采取的紧急措施结束。