行政机关不能向人民检察院提起公诉。因为行政机关没有被法律授以提起环境公益诉讼的权利。所以它是不能向人民检察院提起公诉的。但是行政机关是可以举报污染环境和破坏生态的行为的。

一、经过复议的案件如何确定被告

经过复议的案件确定被告具体如下：

1、作出具体行政行为的行政机关；

2、改变原具体行政行为的复议机关；

3、由法律、法规授权的组织所作的具体行为，该组织是被告；

4、委托某一组织作出具体行政行为的，委托的行政机关是被告；

5、行政机关的内设机构、派出机构作出具体行政行为的，该行政机关是被告；

6、行政机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关是被告。

人民法院应当保障公民、法人和其他组织的起诉权利，对应当受理的行政案件依法受理。

行政机关及其工作人员不得干预、阻碍人民法院受理行政案件。

被诉行政机关负责人应当出庭应诉。不能出庭的，应当委托行政机关相应的工作人员出庭。

民法院不受理公民、法人或者其他组织对下列事项提起的诉讼：

1、国防、外交等国家行为；

2、行政法规、规章或者行政机关制定、发布的具有普遍约束力的决定、命令；

3、行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定；

4、法律规定由行政机关最终裁决的行政行为。

中级人民法院管辖下列第一审行政案件：

1、对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件；

2、海关处理的案件；

3、本辖区内重大、复杂的案件。

4、其他法律规定由中级人民法院管辖的案件。

二、法院与上级法院关系

人民法院的审判职能不同于行政机关的行政管理职能和检察机关的法律监督职能。行政机关为了加强行政管理，提高行政效率，检察机关为了行使侦查、提起公诉、抗诉等法律监督职权，都必须确立上下级之间的领导与被领导的关系。而人民法院审判工作的特点和规律是，它在处理案件时扮演的是居中裁断、冷静客观、不偏不倚、超脱当事人双方利益的角色。

三、生态环境处罚程序

生态环境处罚程序按日连续处罚。经济的发展不能以严重污染生态环境为代价，如果环境被过度污染不加以制止，最终会影响公民的生活。在生活当中要保护环境，每个中国公民都有保护环境的责任。国家制定的保护环境的相关法律、法规，对于其中的处罚措施，依法作出处罚决定的行政机关，可以自责令改正之日的次日起，按照原处罚数额按日连续处罚。