发给个人交通费补贴也属于工资，要交个税的。提供发票那就变成费用了。按福利费处理的话，会占用企业的福利费。

根据《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》（财企［2009］242号）二条规定：企业为职工提供的交通、住房、通讯待遇，已经实行货币化改革的，按月按标准发放或支付的住房补贴、交通补贴或者车改补贴、通讯补贴，应当纳入职工工资总额，不再纳入职工福利费管理；尚未实行货币化改革的，企业发生的相关支出作为职工福利费管理。

单位对个人发放的交通补贴，根据《国家税务总局关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》（国税函〔2006〕245号）文规定：因公务用车制度改革而以现金、报销等形式向职工个人支付的收入，均应视为个人取得公务用车补贴收入，按照工资、薪金项目计征个人所得税。具体计征方法，按《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发［1999］58号）第二条关于个人取得公务交通、通讯补贴收入征税问题的有关规定执行（即：个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月工资、薪金所得计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份工资、薪金所得合并后计征个人所得税。

所以，交通补贴无论是否纳入职工福利费核算，都需要纳入工资薪金所得缴纳个人所得税。

加班工资计不计入经济补偿

不计，经济补偿金按照正常工作状态下的工资计算，加班费是不包含在内的。经济补偿金应以劳动者的正常工作时间工资为计算基数。但是，如果用人单位存在恶意将本应计入正常工作时间的收入计入加班工资，以达到减少正常工作时间工资和经济补偿金标准的，则应将该部分“加班工资”计入经济补偿金计算基数。