两家公司发工资都要依法申报个税，是允许的，并不违法；若是有专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取得的所得中减除，不要重复扣除了，年终通过汇算清缴来多退少补，从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元的，切记别忘了次年汇算清缴个税。

可以做两个公司的法人吗

一人担任多家公司的法人代表本身并不违反《公司法》，需要注意的是，由于法定代表人同时也是公司的董事或经理，应当遵守《公司法》关于董事、高级管理人员的任职要求，比如未经股东会同意，不得在两个竞争性的公司同时法定代表人。

《中华人民共和国个人所得税法》第九条个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。

《中华人民共和国个人所得税法实施条例》

第二十五条取得综合所得需要办理汇算清缴的情形包括：（一）从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元；（二）取得劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得中一项或者多项所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元；（三）纳税年度内预缴税额低于应纳税额；（四）纳税人申请退税。

第二十八条居民个人取得工资、薪金所得时，可以向扣缴义务人提供专项附加扣除有关信息，由扣缴义务人扣缴税款时减除专项附加扣除。纳税人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人减除专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取得的所得中减除。

第二十九条纳税人可以委托扣缴义务人或者其他单位和个人办理汇算清缴。