行政申诉与行政复议都是由政府部门处理纠纷或有关问题的制度，这两种制度在推进我国社会主义法治国家建设的过程中都发挥了重要作用，且这两种制度在某些方面有相似之处，在概念上和实践中很容易引起混淆。但这两种制度又有各自的独特之处，有必要对他们加以正确的区分。

笔者认为，这两种制度的区别主要表现在以下几个方面：

一、操作程序的规范性方面存在不同。行政复议已经由《中华人民共和国行政复议法》加以严格、明确的规定，形成了法定的程序。但行政申诉程序目前还没有明确、统一的规范性文件来调整。与行政复议相比较，在受理、裁决等程序方面更为灵活。在处理时限上，对行政申诉也没有明确的规定，主要由处理机关灵活掌握。

二、两种制度审查处理的对象和救济的范围存在差异。行政复议的受案范围已经由《中华人民共和国行政复议法》作出了明确规定，主要以具体行政行为来确定受案范围。行政申诉的受案范围则要宽广一些，比如，国家工作人员对所在机关的行政处分等内部行政行为不服，或者其他人员(比如教师)对相关组织的处理不服，都属于行政申诉的受案范围。

三、两种制度关于提出申请的条件和要求不同。公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起60日内提出行政复议申请。而公民、法人或者其他组织提出行政申诉申请，大多是在法定期限内没有选择行政复议或行政诉讼等救济途径的。比如，根据《中华人民共和国海关办理申诉案件暂行规定》的规定，公民、法人或者其他组织不服海关作出的具体行政行为，但在法定期限内没有选择行政复议或行政诉讼等救济途径的，可以向海关提出申诉。《中华人民共和国行政复议法》也规定，不服行政机关作出的行政处分或者其他人事处理决定的，依照有关法律、行政法规的规定提出申诉。