员工上班迟到被扣工资不合法，但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；其他。

迟到承诺还算有效吗

迟到承诺是有效的。迟到承诺是逾期承诺，是指承诺到达受要约人的时间已超过要约规定的时间，或者要约未规定有效期，已超过合理时间。受要约人在承诺期内发出承诺，可以根据正常情况及时到达要约人。但因其他原因承诺到达要约人时超过承诺期限的，除要约人及时通知受要约人因承诺超过期限不接受承诺外，该承诺有效。

《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。