土地增值税清算率的计算是用收入总额减去扣除金额，得到一个增值额，再用这个增值额减去扣除金额得到一个增值比例，根据比例不同，再乘以速算扣除系数。

一、土地增值税清算率怎么算

土地增值税清算率的计算公式如下：

增值额=转让房地产收入总额-扣除项目金额

土地增值税=增值额×适用税率－扣除项目金额×速算扣除系数

土地增值税地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整

二、土地增值税清算期限

对于符合清算条件，应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于符合第二种清算条件，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算；对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。

应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。

三、土地增值税申报流程

土地增值税申报流程：

1.纳税人应在转让房地产合同签订后7日内，到房地产所在地主管税务机关办理纳税申报。

2.纳税人采取预售方式销售房地产的，对在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，税务机关可以预征土地增值税，之后办理纳税清算后，多退少补。

土地增值税纳税申报应在转让房地产合同签订后7日内，到房地产所在地主管税务机关办理。纳税人办理申报手续时应提交房屋及建筑物产权证书、土地使用权证书、土地转让合同、房屋买卖合同、房地产评估报告及其他与转让房地产有关的资料。