如果股东会决议被判定为无效，由于公司已经根据股东会决议实施了一定行为，如果实施非财产行为的话就要恢复原状，如果实施财产行为的话就要返还财产。若还有损失的，加害者就要对受害人进行损害赔偿。对于因瑕疵股东会决议受到侵害的善意第三人，公司和股东会召集主持人还要对其负连带赔偿责任。如果股东会决议被判定为有效，则公司根据股东会决议已经实施的行为效力不会受到影响，判决产生的法律后果也就存在于公司与股东之间——内部法律关系。如果股东会决议瑕疵诉讼给公司造成损失的，原告股东就要赔偿公司因股东会决议瑕疵诉讼所遭受的损失。

股东会决议的产生还有对世的效力，一经作出并付诸实施，就会产生一系列的法律关系，如允许随意撤销，一旦撤销，自始无效，则在公司外部关系上，判决溯及力的结果，带来以决议的有效为前提积累的过去的法律关系一时崩溃的严重问题，必将对信赖该决议的善意第三人利益造成损害，不利于交易的效率、安全、公司及法律秩序的稳定。股东会决议应当得到充分的尊重，特别是对程序上存在瑕疵请求撤销的应当加以慎重和限制，维护股东会决议的安定性。