旷工单位要扣工资合法吗？单位可以合理扣除工资，但是您觉得不合理，可以直接通过仲裁来处理此事，公司所有的规章制度，都要在合法的前提下制订。 旷工单位要扣工资合法吗？ 员工旷工一般是指未向部门和公司主管领导书面申请并经批准者，或未按规定时间请假，或违反病、事假规定，或违反公司制度中其它有关规定等行为。 公司所有的规章制度，都要在合法的前提下制订，但这些规章制度特别象您所列的，涉及到员工利益的规定，必须要经过职代会或职工大会讨论通过，并公告，否则是无效的。 依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定：用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。 在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。 用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。 当然，如违法的规章制度，即使这样做了，也是无效的。
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因为员工旷工而扣其工资，若是不支付其当天的工资，此时不属于扣工资，因为本身员工当天就没有上班，单位自然是可以不予支付当天的工资。但要是在此之外还要扣工资的话，自然就是不合法的。不过如果旷工行为给单位造成了经济损失，此时单位可以要求员工赔偿，那么实际操作的时候就可以在其工资中扣除应当赔偿的部分。
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