不合法。关于旷工扣款这个要看公司规章制度是如何规定的，每个单位情况不一样，以实际情况为准。而且规章制度必须经过了民主程序，必须公示。劳动法和劳动合同法都没有对旷工行为如何处理的规定，只是规定对员工违反企业规章制度的违纪行为企业有权做出相应的处理，单位的规章制度要经过民主程序进行公示，而且必须是合法有效并且已经送达给员工的，这样才有效。规章制度对旷工行为概念和发生旷工有明确规定的，按具体的处理规定结合员工的实际旷工行为进行处理。关于违约金和罚金的问题，首先从2008年1月1日后除了培训费和竞业禁止或给单位造成直接经济损失外员工不承担其他违约责任。还有罚金的问题首先针对旷工当日的工资单位依法不予发放，但是额外扣的罚款就没有依据了。所以综上所述，单位有权决定扣款标准，但是那个旷工每天算三天，额外扣20%是不合法的，只能对旷工当日的工资不予发放，除此之外的扣罚就是没有法律依据的。
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职工无正当理由经常旷工，经批评教育无效；连续旷工时间超过15天，或者1年以内累计旷工时间超过30天的，企业有权予以除名。 无正当理由经常旷工一般是指：除有不可抗拒的因素影响，职工无法履行请假手续外； 职工不按规定履行请假手续，又不按时上下班，连续旷工超过15天，或1年内累计旷工超过30天，即属于无正当理由经常旷工。
单位扣除工资最高只是当日工资的百分之七十，或月终奖金的百分之三十。而扣除三倍工资显然已经超过了上述合理范围，所以单位规章制度中的这种规定是不合法的。这种规定也是无效的，劳动者不必执行。
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