企业合并，不影响劳动合同的履行。《劳动合同法》第三十四条规定：“用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。”用人单位违反规定解除劳动合同的，应当按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。附：经济补偿标准第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
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公司合并员工不愿意去合并后的公司，可以要求解除合同，用人单位应当支付经济补偿金。不支付的，劳动者可以申请仲裁，不服仲裁结果的，可以提起上诉。
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