因为工程款与质量责任是两个不同性质的款项，乙方施工完毕后如果经过竣工验收或交付使用，那么甲方应该支付工程款。

至于工程质量问题，属于甲方另行主张的权利。何况经过了竣工验收的工程，乙方承担的是质量问题的修复责任；交付的工程，乙方只对主体结构的质量问题承担责任。这些都需要甲方证明。

如果工程没有经过竣工验收，也没有交付，甲方扣款不承担违约责任。因为甲方有权不支付工程款，或者属于支付工程款条件不成就。

甲方违约乙方能否单方解决合同

需根据具体情况分析处理。

一是看双方的合同是否约定了合同解除的条件或情形，并且这些条件已经成就或情形已经出现，就是法律上规定约定解除；

二是如果双方在合同中没有约定，就看对方的违约行为是否导致合同目的无法实现（根本性违约），否则不能解除合同；

三是违约赔偿也是基于双方合同中约定，或违约方给守约方完成实际损失。

根据《建设工程司法解释二》第14条规定：当事人对工程造价、质量、修复费用等专门性问题有争议，人民法院认为需要鉴定的，应当向负有举证责任的当事人释明。

当事人经释明未申请鉴定，虽申请鉴定但未支付鉴定费用或者拒不提供相关材料的，应当承担举证不能的法律后果。