建立国家公务员申诉控告制度的目的是：

1、为了保障国家公务员的合法权益。

2、为了促进国家行政机关依法行政，依法行使职权。

3、为了纠正国家行政机关、领导人员和国家公务员的违法违纪行为，加强纪律约束和廉政建设。

4、为了公正、及时地处理国家公务员的申诉、控告案件，使国家公务员申诉控告工作有章可循，有法可依。

5、为了加强和完善行政机关的内部监督制度。

其中最根本的目的有两个，即：保护国家公务员的合法权益免受不法侵害;监督国家行政机关及其领导人员依法行政。