1、流转房屋的土地溢价的归属。1990年，国务院批转国家土地管理局《关于加强农村宅基地管理工作请求的通知》中规定，进行农村宅基地有偿使用试点。宅基地使用费要本着“取之于户，收费适度；用之于村，使用得当”的原则，实行乡管、银行立户制度，用于村内基础设施和公益建设。1993年7月，为了减轻农民负担，中央和国务院办公厅联合发出《关于涉及农民负担项目审核处理意见的通知》中规定，取消农村宅基地有偿使用费和农村宅基地超占费。自此始，农村宅基地为完全无偿使用。村民在转让农村房屋时，其宅基地使用权实事上也随之让与，因此，笔者认为，如果当事人转让农村房屋时，转让费中包含了地价，则应本着“谁之财产谁受偿”之原则，其溢价应归属集体所有。对此，宜告知转让方并记录在案。

2、由于农村房屋大多无产权凭证，且在所有权移转时也可能无法办理变动登记，因此，就可能产生如果遇到国家征收时，其赔偿费的归属争执。对此，宜在公证中提醒当事人并在转让合同中予以明确约定。

3、承包地上所建房屋和多套房屋转让的效力问题。由于城市周边农村地少人多，不少人在所承包的耕地上修建住宅，此类房屋的转让，虽然就债权关系而言，仍然有效，但与农村土地政策有冲突，故笔者认为不宜办理公证。“一户一宅”是集体组织成员享有宅基地使用权的基本原则，因此，若一户有两处以上宅基地的，其房屋的转让，以经合法批建的一处为有效，而非法多占的宅基地上所建的房屋的转让，则不宜办理公证。但继承及受遗赠不在此限。

4、农民“农转非”后，其宅基地并未转为城镇建设用地的，该宅基地上的房屋之转让是否应受限制。笔者认为，应区别对待：若已经规划且将被征收，则应受限制；若暂时并无征收规划，则不应受限制；若为继承及受遗赠，则不管是否将被征收均不受限制。

农村房屋买卖合同的问题

（一）违反一户一宅的农村房屋买卖合同的效力。（二）非同一集体经济组织成员间农村房屋买卖合同效力。（三）共有人一方未经他方同意出售农村房屋的情形。（四）农村拆迁安置房买卖合同纠纷。（五）小产权房买卖问题。（六）新农村建设中的房屋买卖引发的纠纷，等等。