增值税专用发票(抵扣联)是外贸企业用于申报出口退税与计算退税的主要凭证之一。对于丢失增值税专用发票能否继续申报出口退税，国家税务总局下发的《关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》(国税函〔2010〕162号)，区分两类情况对该问题进行了明确。

一、发票联与抵扣联全部丢失

根据国税函〔2010〕162号文件规定，对于外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。国税函〔2010〕162号文件首次明确在丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的情况下，通过认证相符记账联可以作为外贸企业申报并计算出口退税的依据。

二、有发票联但抵扣联丢失

根据国税函〔2010〕162号文件规定，对于外贸企业只丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。

另外，在办理此项业务时，相关企业需要注意以下两点：

第一，根据国家税务总局《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)规定，自2010年1月1日以后，增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天调整为180天。外贸企业丢失已开具的增值税专用发票(抵扣联或发票联)如未认证的，应在规定期限的180天内及时进行认证，并区分两类情况办理出口退税的有关事宜。

第二，为了加强出口退税管理与审核，各地主管出口退税的税务机关只有在增值税专用发票信息比对无误的情况下，才能按现行出口退税有关规定，为外贸企业丢失已开具增值税专用发票的出口货物办理退税事宜。