增值税专用发票抵扣联丢失处理：

1、扣税凭证丢失时由直接保管人承担相应责任。

2、丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，且丢失前已认证相符的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，

取得相应专用发票记账联复印件(加盖发票专用章)及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(以下统称《证明单》)，并及时传递给发票管理人员，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查，按照扣税凭证归档要求进行管理。

丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前未认证的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，取得相应专用发票记账联复印件(加盖发票专用章)及销售方所在地主管税务机关出具的《证明单》，并及时传递给发票管理人员，发票管理人员凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的，可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。

3、公司丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票的发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票的发票联认证，专用发票的发票联复印件留存备查。

4、公司丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。