首先，《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》(国税函〔2008〕607号)第二条规定，购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，应按照规定移交稽查部门组织协查。属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。

其次，《国家税务总局关于外贸企业使用增值税专用发票办理出口退税有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第22号)第二条明确，对外贸企业取得《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》规定的允许抵扣的按非正常户登记失控增值税专用发票，销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关。外贸企业可凭增值税专用发票向主管出口退税的税务机关申报出口退税。

据此，该企业取得的失控增值税专用发票，应先由稽查部门组织协查，并在销售方已申报并缴纳税款的情形下，由销售方主管税务机关出具书面证明方可申报抵扣进项税额，并凭增值税专用发票向主管出口退税的税务机关申报出口退税。而对于销售方未申报纳税的失控增值税专用发票，则不得申报抵扣增值税进项税额并申报办理出口退税。