丢失增值税专用发票的情况下，一般不会罚款的，但超过90天就不能抵扣进项税额了，可价税合计记入库存商品成本。增值税是以商品(含应税劳务)在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的一种流转税。从计税原理上说，增值税是对商品生产、流通、劳务服务中多个环节的新增价值或商品的附加值征收的一种流转税。实行价外税，也就是由消费者负担，有增值才征税没增值不征税。

一、丢失增值税专用发票的具体情况

1、销售方丢失增值税专用发票

(1)丢失空白未开具的增值税专用发票的，首先按规定程序向销售方当地主管税务机关、公安机关报失，接受税务机关处罚；其次，由主管税务机关代收取“挂失登报费”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传(寄)中国税务报社等税务报刊杂志上刊登“遗失声明”。

(2)销售方丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联的，待申报、报税后向主管税务机关申请出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，并把该证明和丢失发票的记账联复印件交购买方抵扣。

(3)销售方丢失已开具专用发票的抵扣联、发票联其中一联(两联没有全部丢失)的：可让购买方使用未丢的联次到主管税务机关认证和记账，复印件留存备查。

2、购货方丢失增值税专用发票

(1)如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。

(2)如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。