1.申请人将入台证申请文件交给大陆代办旅行社。

2.大陆旅行社初审通过后便将文件发放给台湾对接的旅行社。(申请爆量时，旅行社初审时间会拉长)

3.**旅行社将申请人文件输入移民数的电脑系统中。(申请爆量时，旅行社送件时间会拉长)

4.申请件输入后，移民署电脑便会自动依照申请份数的多寡，将申请件列入配额的程序中，如当天申请件数累计已超过一天配额的5840份数，则申请件会依序被归到至下一个工作日的配额中。

5.每个工作日移民署会审核排到当日配额申请人的文件，如审核通过，移民署便会通知**旅行社去缴费出证，**旅行社再通知大陆旅行社缴费。(申请件数爆量的时候，这个缴费的流程常常会延误，使得出证时间延长)

6.如移民署审核后需要申请人补件，在48小时内补件成功，申请人配额不变。如申请人没有在48小时内补件，移民便会取消此申请件，退回给代办旅行社。

入台证加急服务说明

从2015年1月1日开始，移民署为了服务有加急需求的民众，开放了入台证加急服务，在申请人送件占到配额之后，如果需要提前出证，可以向旅行社代为提出加急申请，按天数收费，申请人实际缴费按代办旅行社收费规则缴费。

加急服务不是挤掉别人的配额，而是在原来配额的基础上，移民署加班提前审理加急的申请件。

例如：一件入台证申请件原先占到的配额是3月15日，本来移民署应该在3月15日才审理，但申请人加急了一天，移民署因此在不影响其他申请件情况下，在3月14日多审理了这件加急处理的申请件，使得这份加急的申请件可以提早一天出证。