2009年～2012年，云南将对经营困难但不裁员、符合国家税收法律法规的核定征税条件的非公有制（中小）企业实行核定征税。对缴纳城镇土地使用税确实有困难的非公有制（中小）企业，经税务机关审核批准后，可减征或免征城镇土地使用税。

此外，自2009年起，对入驻省级工业园区、符合国家产业政策且固定资产投资在1000万元以上的新办非公有制（中小）企业生产性项目或科技成果转化和产业化项目，企业缴纳的增值税、所得税、营业税地方留成部分，自投产年度起，前5年由同级财政给予全额奖励或补助；自投产年度起，企业高管人员、主要技术人员前3年的个人所得税地方留成部分，由同级财政全额奖励或补助企业，用于企业的人才引进和培养。

云南的非公有制经济存在总量较小、企业规模偏小、创新能力较弱等问题。2008年，非公有制经济虽受国际金融危机影响，但外贸进出口额仍保持较高增速，比云南省平均增速高6.2%。2008年，云南省非公有制经济企业有97.6万户，其中私营企业为11.6万户，非公有制经济完成工业增加值806亿元。