一、行政公益诉讼有哪些处理意见

人民检察院对行政诉讼案件进行调查后，调查结束后，处理意见包括终结案件；

提出检察建议两种。《人民检察院公益诉讼办案规则》第七十三条调查结束，检察官应当制作《调查终结报告》，区分情况提出以下处理意见：

（一）终结案件；

（二）提出检察建议。第七十四条经调查，人民检察院认为存在下列情形之一的，应当作出终结案件决定：

（一）行政机关未违法行使职权或者不作为的；

（二）国家利益或者社会公共利益已经得到有效保护的；

（三）行政机关已经全面采取整改措施依法履行职责的；

（四）其他应当终结案件的情形。终结案件的，应当报检察长决定，并制作《终结案件决定书》送达行政机关。

二、民事公益诉讼的流程是怎样的

1、人民法院审理人民检察院提起的民事公益诉讼案件，被告提出反诉请求的，不予受理。

2、人民法院审理人民检察院提起的第一审民事公益诉讼案件，原则上适用人民陪审制。

当事人申请不适用人民陪审制审理的，人民法院经审查可以决定不适用人民陪审制审理。

3、人民检察院与被告达成和解协议或者调解协议后，人民法院应当将协议内容公告，公告期间不少于三十日。

公告期满后，人民法院审查认为和解协议或者调解协议内容不损害社会公共利益的，应当出具调解书。

4、人民检察院在法庭辩论终结前申请撤诉，或者在法庭辩论终结后，人民检察院的诉讼请求全部实现，申请撤诉的，应予准许。

5、对于人民法院作出的民事公益诉讼判决、裁定，当事人依法提起上诉、人民检察院依法提起抗诉或者其他当事人依法申请再审且符合民事诉讼法第二百条规定的，分别按照民事诉讼法规定的第二审程序、审判监督程序审理。

通过上述分析知道，依据《人民检察院公益诉讼办案规则》的规定，人民检察院对行政公益诉讼案件进行立案后，要对案件进行调查，调查结束作出处理意见，理意见包括终结案件；

提出检察建议两种。